Мене не пре, що в GNOME по дефолту директорії користувача починаються з великої букви. Наприклад Download, Video, Music і т.д. Можна просто переіменувати директорії, але різноманітні програми всеодно будуть шукати старі назви. Щоб цього не трапилось потрібно відредагувати файл ~/.config/user-dirs.dirs

$ vim ~/.config/user-dirs.dirs

XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/videos"

Далі редагуємо файл закладок:

$ vim ~/.gtk-bookmarks

file:///home/stfalcon/documents
file:///home/stfalcon/music
file:///home/stfalcon/pictures
file:///home/stfalcon/videos
file:///home/stfalcon/downloads

Після цього довелось ще перевизначити директорії для завнтажень в Chrome і Transmission. Я так розумію, що вони встигли витягнути шлях з старого XDG_DOWNLOAD_DIR і зберегли його в власних налаштуваннях.